1.干嘛要非浏览器登录呢？
而且你的网页难道没有验证是否登录？这样程序漏洞N多。程序的开头应该验证是否登录，未登录的，应该跳转到登录界面。
2.你的弹出页面是当非浏览器登录的时候自动弹出的？而不是登录后点击某个链接再弹出？
要是这样，则是你第一个页面还未完全打开，所以系统还未记录你的cookie，这时候又弹出第二个页面，所以第二个页面是没有cookie可读取。而等一会后，你的第一个页面已经完全打开，刷新第二个页面，则系统就有cookie，所以打开正常。要解决的，就把弹出代码在网页最后才用js延时弹出，好让第一个页面完全打开。